兵团屯垦戍边研究中心由兵团批准建立并资助，依托石河子大学管理的一种按照机构开放、人员流动、内外联合、竞争创新的新机制运行，是一个集科学研究、人才培养、学术交流、资料信息建设、政策咨询等功能为一体的新型研究中心。
本中心是在“石河子大学绿洲社会经济与屯垦研究中心”基础上成立的兵团人文社会科学重点研究基地。中心采取兵团教育局与石河子大学共建，以石河子大学为主的方式，是一个独立的非法人的实体性研究机构，中心设置独立，与学院（系）平行，采用“以问题为导向，以项目为载体，以项目管理为途径，以学术研究为平台”的管理模式。
中心基本宗旨：立足区域，面向全国，协同各方资源及力量，搭建科研创新共享平台，为新疆及兵团乃至国家政府部门提供决策咨询和理论支撑。
中心实行理事会制度，指导单位为兵团教育局，理事长单位为石河子大学，石河子大学党委书记何慧星担任中心理事长，理事单位包括：北京大学、对外经济贸易大学、中国社会科学院新疆发展研究中心、新疆社会科学院、塔里木大学、兵团党委宣传部、兵团党委政策研究室、兵团发展改革委员会、兵团党史研究室（兵团志办公室）、新疆兵团党委党校（行政学院）、兵团第八师、新疆天业（集团）有限公司、新疆兵团军垦博物馆、霍尔果斯经济技术开发区管委会、三五九旅屯垦纪念馆。
中心设有学术委员会，是本中心最高学术决策机构，负责学术研究指导、监督、确定本中心的科研发展方向和审定重大科研项目的立项等事宜。中国社会科学院新疆发展研究中心研究员厉声担任学术委员会主任，学术委员会副主任为北京大学历史系教授荣新江、石河子大学教授李万明（常务）。
中心实行主任负责制，由石河子大学副校长夏文斌教授担任中心主任，副主任为塔里木大学西域文化研究院院长廖肇羽、石河子大学政法学院副院长万朝林（常务）。中心下设办公室及四个部门：理论研究部、实践调研部、决策内参部、文献信息部。
中心主要从事屯垦戍边历史文化、边疆治理与安全、新疆兵团区域发展等领域研究，三个研究方向共有专兼职研究人员69名，本中心的研究成果将为新疆生产建设兵团提供理论支撑和决策支持。
中心未来展望：通过不断整合相关的国内外高水平学术研究信息，建成“特色鲜明、西部一流、国际知名”的人文社科专业数据库和专业研究基地，成为兵团领导决策的智库，兵团屯垦戍边研究的高地，汇聚、整合、培养人才的平台，学术交流和资料信息中心，深化科研体制改革的示范地。